Постановлением Совета Министров СССР № 5389-2346 от 28 декабря 1951 года был организован Таганрогский радиотехнический институт (ТРТИ): «Создать в 1952 году в г. Таганроге радиотехнический институт по подготовке инженеров по радиотехническим, радиолокационным и электровакуумным специальностям для радиолокационной и электровакуумной промышленности со сроком обучения пять лет, обеспечив в 1952/53 учебном году прием в этот институт 400 студентов. Довести к 1955г. контингент студентов Таганрогского радиотехнического института до 2000 человек».
На основании этого Постановления Совета Министров приказом Министра высшего образования СССР от 9 января 1952 г. №123 была определена следующая структура Таганрогского радиотехнического института:
31 августа 1952 года состоялось официальное открытие ТРТИ.
1 сентября 1952 года начались занятия, которые проводили 43 преподавателя для 544 студентов 1 и 2 курсов. К 23 октября 1952 года были созданы лаборатории теоретических основ радиотехники, электрических машин, электроизмерений, механических счётных машин и деталей точной механики, автоматики и телемеханики.
22 ноября 1993 года Приказом Госкомитета Российской Федерации по высшему образованию № 364 Таганрогский радиотехнический институт переименован в Таганрогский государственный радиотехнический университет (ТРТУ).
В 2006 году Таганрогский государственный радиотехнический университет вошел в структуру Федерального государственного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Южный федеральный университет», который был образован распоряжением Правительства Российской Федерации от 23 ноября 2006 года №1616-р в результате реорганизации в форме присоединения к Ростовскому государственному университету Ростовской государственной академии архитектуры и искусства, Ростовского государственного педагогического университета и Таганрогского государственного радиотехнического университета.
Институт радиотехнических систем и управления образован в структуре Южного федерального университета приказом ректора от 25 декабря 2013 г. № 507-ОД. В состав института вошли кафедра радиотехнических и телекоммуникационных систем, кафедра антенн и радиопередающих устройств, кафедра теоретических основ радиотехники, кафедра радиоприемных устройств и телевидения, кафедра встраиваемых систем, кафедра систем автоматического управления, кафедра электротехники и мехатроники, кафедра летательных аппаратов, кафедра инженерной графики и компьютерного дизайна, кафедра механики, научно-конструкторское бюро моделирующих и управляющих систем, научно-конструкторское бюро цифровой обработки сигналов, научно-технический центр «Техноцентр», научно-образовательный центр системных технологий проектирования.